شورای دفاع کمتر از دو ماه پس از آن تشکیل شده که اسرائیل با حملات گسترده هوایی، ساختار نظامی جمهوری اسلامی را هدف گرفت؛ در ساعات اولیه حمله، سامانه پدافند هوایی ایران آسیب جدی دید و برخی از فرماندهان ارشد نظامی و دانشمندان هسته‌ای هدف حمله قرار گرفتند.