بقائی در گفتوگو با ایرنا ادعا کرد که برنامه هستهای جمهوری اسلامی تنها سه درصد از کل برنامههای صلحآمیز جهان را تشکیل میدهد، اما ۲۳ درصد از بازرسیهای آژانس را به خود اختصاص داده است. او گفت: «در چنین شرایطی امکان انحراف به سمت سلاح هستهای عملاً وجود ندارد.»
او همچنین اتهامات مارکو روبیو، وزیر خارجه آمریکا، مبنی بر وقتکشی جمهوری اسلامی در مذاکرات را «فریب مخاطب» خواند و گفت جمهوری اسلامی برای مذاکرات جدی بوده، اما طرف آمریکایی فاقد اراده سیاسی لازم بوده است. به ادعای او، حمله اخیر به جمهوری اسلامی نتیجه ناتوانی آمریکا در پذیرش منطق جمهوری اسلامی در گفتوگو بوده است.