چهار فعال سیاسی کرد ایرانی در رستوران یونانی میکونوس در برلین در ۱۷ سپتامبر ۱۹۹۲ ترور شدند. دادگاهی در آلمان بعدها دولت ایران را در این جنایت مسئول دانست. دو نفر از عاملان اصلی به حبس ابد محکوم شدند. این حمله، روابط آلمان و
ا ایران را وارد بحرانی شدید کرد و کشورهای اتحادیه اروپا سفرای خود را از تهران فراخواندند.
یوشکا فیشر، وزیر امور خارجه وقت آلمان در اکتبر سال ۲۰۰۱ با محمد خاتمی، رئیس‌جمهور وقت ایران در تهران دیدار کرد. ایران در زمان خاتمی، درهای جدیدی به سمت سیاست خارجی گشود.
زیگمار گابریل، وزیر خارجه وقت آلمان در ژوئیه ۲۰۱۵ به ایران سفر و از بازار اصفهان بازدید کرد. کمی پیش از آن، توافقی برای محدود کردن برنامه هسته‌ای ایران به دست آمده بود.
بسیاری از سیاستمداران آلمانی در این دوره به منظور گسترش روابط به ایران سفر کردند اما ایالات متحده در سال ۲۰۱۸ از توافق خارج و روند نزدیکی مجدد دچار توقف شد.
